实时定量聚合酶链反应用于控制提取的核酸/cDNA和基因组DNA的质量。为评估所提取的核糖核酸的质量，可建立一种特异性的单拷贝基因系统，用以量化基因组当量和细胞数。而该系统用于对DNA质量控制的概要，使用该系统针对单拷贝基因，使用ct值来确定某些组织的DNA提取质量。超过一定阈值的样本表明dna已经被降解，需要重新获取，而利用系统可对伪基因进行靶向复制。
在准备研磨提取前，我们需要取新鲜的动物组织做样品，剪切成50-100mg左右的湿重，用液氮快速冷冻，在-80℃的低温冰箱中保存。这些被冷冻的组织在DNA提取前，需被放在深孔板中，然后把深孔板放在干冰上进行冷冻。每个孔中需加入研磨钢珠和缓冲液，使其净化溶解。用高通量的研磨仪器将其深孔盖密封，开始研磨提取。
在50℃下样品进行逆转录反应，需加入60微升水，加热5分钟至95℃，在冰上进行冷却，使反应终止。而样品提取的DNA质量是由ct值决定的，是受内源受控的。待超过某一阈值时，样品质量会受到影响，RNA总降解，需要再次提取备用样品。通常用该系统来评DNA的质量，其目标是具有特定物种的甘油醛-3-磷酸脱氢酶或核糖体基因。
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